Если ваш сайт уже добавлен в Яндекс Вебмастер и вы сменили зеркало сайта (в пределах домена), например подключили SSL сертификат или решили избавиться от www. в домене, то необходимо добавить главное зеркало в вебмастер вручную. Чаще всего в таких случаях яндекс рассылает письма
Для того, чтобы добавить главное зеркало сайта в сервис Яндекс Вебмастер, необходимо перейти в Яндекс.Вебмастер.
Авторизуемся в сервисе через ту почту Яндекса, на которую пришло письмо и/или через почту, на которую есть права в вебмастере. (Если уведомления отключены в настройках вебмастера, то письма могут не придти).
Открывается окно приветсвия, нажимаем "Перейти".
В верхнем поле нажимаем на "+" для добавления сайта.
Добавляем главное зеркало. Вводим полный url сайта (с протоколом http / https, с www или без www). Жмем "Добавить".
Выбираем подтверждение через тот метод, что выбран ранее на неглавном домене. Чтобы проверить метод подтверждения перейдите в Вебмастер неглавного зеркала в раздел "права доступа"
Затем возвращаемся в главное зеркало и нажимаем "Проверить". При правильной установке права подтвердятся.
При необходимости и имеющейся возможности мы можем делегировать права на главное зеркало, то при добавлении главного зеркала в Вебмастер подтверждение пройдет автоматически. Делегировать права может любой другой подтвержденный пользователь этого сайта, например специалист, занимающийся продвижением сайта в вебстудии, либо сотрудник вашей компании.
Но учтите, при удалении прав у этого пользователя - делигированные права сбрасываются, и необходимо будет заново подтвержать права на сайт в Вебмастере